Bias updates bug fix

Joseph Redmon

2015-01-27 153705226d8ca746478b69eeac9bc854766daa11

 src/utils.c

@@ -3,9 +3,23 @@
#include <string.h>
#include <math.h>
#include <float.h>
#include <limits.h>

#include "utils.h"

void pm(int M, int N, float *A)
{
    int i,j;
    for(i =0 ; i < M; ++i){
        for(j = 0; j < N; ++j){
            printf("%10.6f, ", A[i*N+j]);
        }
        printf("\n");
    }
    printf("\n");
}


char *find_replace(char *str, char *orig, char *rep)
{
    static char buffer[4096];
@@ -30,26 +44,22 @@
void top_k(float *a, int n, int k, int *index)
{
    int i,j;
    float thresh = FLT_MAX;
    for(i = 0; i < k; ++i){
        float max = -FLT_MAX;
        int max_i = -1;
        for(j = 0; j < n; ++j){
            float val = a[j];
            if(val > max &&  val < thresh){
                max = val;
                max_i = j;
    for(j = 0; j < k; ++j) index[j] = 0;
    for(i = 0; i < n; ++i){
        int curr = i;
        for(j = 0; j < k; ++j){
            if(a[curr] > a[index[j]]){
                int swap = curr;
                curr = index[j];
                index[j] = swap;
            }
        }
        index[i] = max_i;
        thresh = max;
    }
}

void error(char *s)
void error(const char *s)
{
    perror(s);
    //fprintf(stderr, "Error: %s\n", s);
    exit(0);
}

@@ -67,8 +77,8 @@

list *split_str(char *s, char delim)
{
    int i;
    int len = strlen(s);
    size_t i;
    size_t len = strlen(s);
    list *l = make_list();
    list_insert(l, s);
    for(i = 0; i < len; ++i){
@@ -82,9 +92,9 @@

void strip(char *s)
{
    int i;
    int len = strlen(s);
    int offset = 0;
    size_t i;
    size_t len = strlen(s);
    size_t offset = 0;
    for(i = 0; i < len; ++i){
        char c = s[i];
        if(c==' '||c=='\t'||c=='\n') ++offset;
@@ -95,9 +105,9 @@

void strip_char(char *s, char bad)
{
    int i;
    int len = strlen(s);
    int offset = 0;
    size_t i;
    size_t len = strlen(s);
    size_t offset = 0;
    for(i = 0; i < len; ++i){
        char c = s[i];
        if(c==bad) ++offset;
@@ -109,26 +119,30 @@
char *fgetl(FILE *fp)
{
    if(feof(fp)) return 0;
    unsigned long size = 512;
    size_t size = 512;
    char *line = malloc(size*sizeof(char));
    if(!fgets(line, size, fp)){
        free(line);
        return 0;
    }

    int curr = strlen(line);
    size_t curr = strlen(line);

    while(line[curr-1]!='\n'){
        size *= 2;
        line = realloc(line, size*sizeof(char));
        if(!line) {
            printf("%ld\n", size);
            malloc_error();
    while((line[curr-1] != '\n') && !feof(fp)){
        if(curr == size-1){
            size *= 2;
            line = realloc(line, size*sizeof(char));
            if(!line) {
                printf("%ld\n", size);
                malloc_error();
            }
        }
        fgets(&line[curr], size-curr, fp);
        size_t readsize = size-curr;
        if(readsize > INT_MAX) readsize = INT_MAX-1;
        fgets(&line[curr], readsize, fp);
        curr = strlen(line);
    }
    line[curr-1] = '\0';
    if(line[curr-1] == '\n') line[curr-1] = '\0';

    return line;
}
@@ -219,6 +233,14 @@
    return a;
}

float mse_array(float *a, int n)
{
    int i;
    float sum = 0;
    for(i = 0; i < n; ++i) sum += a[i]*a[i];
    return sqrt(sum/n);
}

void normalize_array(float *a, int n)
{
    int i;
@@ -246,6 +268,7 @@
        a[i] *= s;
    }
}

int max_index(float *a, int n)
{
    if(n <= 0) return -1;
@@ -260,13 +283,40 @@
    return max_i;
}

// From http://en.wikipedia.org/wiki/Box%E2%80%93Muller_transform
#define TWO_PI 6.2831853071795864769252866
float rand_normal()
{
    int i;
    float sum= 0;
    for(i = 0; i < 12; ++i) sum += (float)rand()/RAND_MAX;
    return sum-6.;
    static int haveSpare = 0;
    static double rand1, rand2;

    if(haveSpare)
    {
        haveSpare = 0;
        return sqrt(rand1) * sin(rand2);
    }

    haveSpare = 1;

    rand1 = rand() / ((double) RAND_MAX);
    if(rand1 < 1e-100) rand1 = 1e-100;
    rand1 = -2 * log(rand1);
    rand2 = (rand() / ((double) RAND_MAX)) * TWO_PI;

    return sqrt(rand1) * cos(rand2);
}

/*
   float rand_normal()
   {
   int n = 12;
   int i;
   float sum= 0;
   for(i = 0; i < n; ++i) sum += (float)rand()/RAND_MAX;
   return sum-n/2.;
   }
 */

float rand_uniform()
{
    return (float)rand()/RAND_MAX;