added extraction

Joseph Redmon

2015-11-09 42ba5d4585a252b344cc737420e46ad93f005dbe

 src/utils.c

@@ -2,10 +2,139 @@
#include <stdlib.h>
#include <string.h>
#include <math.h>
#include <unistd.h>
#include <float.h>
#include <limits.h>

#include "utils.h"

void sorta_shuffle(void *arr, size_t n, size_t size, size_t sections)
{
    size_t i;
    for(i = 0; i < sections; ++i){
        size_t start = n*i/sections;
        size_t end = n*(i+1)/sections;
        size_t num = end-start;
        shuffle(arr+(start*size), num, size);
    }
}

void shuffle(void *arr, size_t n, size_t size)
{
    size_t i;
    void *swp = calloc(1, size);
    for(i = 0; i < n-1; ++i){
        size_t j = i + rand()/(RAND_MAX / (n-i)+1);
        memcpy(swp,          arr+(j*size), size);
        memcpy(arr+(j*size), arr+(i*size), size);
        memcpy(arr+(i*size), swp,          size);
    }
}

void del_arg(int argc, char **argv, int index)
{
    int i;
    for(i = index; i < argc-1; ++i) argv[i] = argv[i+1];
    argv[i] = 0;
}

int find_arg(int argc, char* argv[], char *arg)
{
    int i;
    for(i = 0; i < argc; ++i) {
        if(!argv[i]) continue;
        if(0==strcmp(argv[i], arg)) {
            del_arg(argc, argv, i);
            return 1;
        }
    }
    return 0;
}

int find_int_arg(int argc, char **argv, char *arg, int def)
{
    int i;
    for(i = 0; i < argc-1; ++i){
        if(!argv[i]) continue;
        if(0==strcmp(argv[i], arg)){
            def = atoi(argv[i+1]);
            del_arg(argc, argv, i);
            del_arg(argc, argv, i);
            break;
        }
    }
    return def;
}

float find_float_arg(int argc, char **argv, char *arg, float def)
{
    int i;
    for(i = 0; i < argc-1; ++i){
        if(!argv[i]) continue;
        if(0==strcmp(argv[i], arg)){
            def = atof(argv[i+1]);
            del_arg(argc, argv, i);
            del_arg(argc, argv, i);
            break;
        }
    }
    return def;
}

char *find_char_arg(int argc, char **argv, char *arg, char *def)
{
    int i;
    for(i = 0; i < argc-1; ++i){
        if(!argv[i]) continue;
        if(0==strcmp(argv[i], arg)){
            def = argv[i+1];
            del_arg(argc, argv, i);
            del_arg(argc, argv, i);
            break;
        }
    }
    return def;
}


char *basecfg(char *cfgfile)
{
    char *c = cfgfile;
    char *next;
    while((next = strchr(c, '/')))
    {
        c = next+1;
    }
    c = copy_string(c);
    next = strchr(c, '.');
    if (next) *next = 0;
    return c;
}

int alphanum_to_int(char c)
{
    return (c < 58) ? c - 48 : c-87;
}
char int_to_alphanum(int i)
{
    if (i == 36) return '.';
    return (i < 10) ? i + 48 : i + 87;
}

void pm(int M, int N, float *A)
{
    int i,j;
    for(i =0 ; i < M; ++i){
        printf("%d ", i+1);
        for(j = 0; j < N; ++j){
            printf("%10.6f, ", A[i*N+j]);
        }
        printf("\n");
    }
    printf("\n");
}


char *find_replace(char *str, char *orig, char *rep)
{
    static char buffer[4096];
@@ -30,26 +159,22 @@
void top_k(float *a, int n, int k, int *index)
{
    int i,j;
    float thresh = FLT_MAX;
    for(i = 0; i < k; ++i){
        float max = -FLT_MAX;
        int max_i = -1;
        for(j = 0; j < n; ++j){
            float val = a[j];
            if(val > max &&  val < thresh){
                max = val;
                max_i = j;
    for(j = 0; j < k; ++j) index[j] = -1;
    for(i = 0; i < n; ++i){
        int curr = i;
        for(j = 0; j < k; ++j){
            if((index[j] < 0) || a[curr] > a[index[j]]){
                int swap = curr;
                curr = index[j];
                index[j] = swap;
            }
        }
        index[i] = max_i;
        thresh = max;
    }
}

void error(char *s)
void error(const char *s)
{
    perror(s);
    //fprintf(stderr, "Error: %s\n", s);
    exit(0);
}

@@ -67,8 +192,8 @@

list *split_str(char *s, char delim)
{
    int i;
    int len = strlen(s);
    size_t i;
    size_t len = strlen(s);
    list *l = make_list();
    list_insert(l, s);
    for(i = 0; i < len; ++i){
@@ -82,9 +207,9 @@

void strip(char *s)
{
    int i;
    int len = strlen(s);
    int offset = 0;
    size_t i;
    size_t len = strlen(s);
    size_t offset = 0;
    for(i = 0; i < len; ++i){
        char c = s[i];
        if(c==' '||c=='\t'||c=='\n') ++offset;
@@ -95,9 +220,9 @@

void strip_char(char *s, char bad)
{
    int i;
    int len = strlen(s);
    int offset = 0;
    size_t i;
    size_t len = strlen(s);
    size_t offset = 0;
    for(i = 0; i < len; ++i){
        char c = s[i];
        if(c==bad) ++offset;
@@ -106,33 +231,65 @@
    s[len-offset] = '\0';
}

void free_ptrs(void **ptrs, int n)
{
    int i;
    for(i = 0; i < n; ++i) free(ptrs[i]);
    free(ptrs);
}

char *fgetl(FILE *fp)
{
    if(feof(fp)) return 0;
    unsigned long size = 512;
    size_t size = 512;
    char *line = malloc(size*sizeof(char));
    if(!fgets(line, size, fp)){
        free(line);
        return 0;
    }

    int curr = strlen(line);
    size_t curr = strlen(line);

    while(line[curr-1]!='\n'){
        size *= 2;
        line = realloc(line, size*sizeof(char));
        if(!line) {
            printf("%ld\n", size);
            malloc_error();
    while((line[curr-1] != '\n') && !feof(fp)){
        if(curr == size-1){
            size *= 2;
            line = realloc(line, size*sizeof(char));
            if(!line) {
                printf("%ld\n", size);
                malloc_error();
            }
        }
        fgets(&line[curr], size-curr, fp);
        size_t readsize = size-curr;
        if(readsize > INT_MAX) readsize = INT_MAX-1;
        fgets(&line[curr], readsize, fp);
        curr = strlen(line);
    }
    line[curr-1] = '\0';
    if(line[curr-1] == '\n') line[curr-1] = '\0';

    return line;
}

void read_all(int fd, char *buffer, size_t bytes)
{
    size_t n = 0;
    while(n < bytes){
        int next = read(fd, buffer + n, bytes-n);
        if(next <= 0) error("read failed");
        n += next;
    }
}

void write_all(int fd, char *buffer, size_t bytes)
{
    size_t n = 0;
    while(n < bytes){
        size_t next = write(fd, buffer + n, bytes-n);
        if(next <= 0) error("write failed");
        n += next;
    }
}


char *copy_string(char *s)
{
    char *copy = malloc(strlen(s)+1);
@@ -212,13 +369,21 @@
    return variance;
}

float constrain(float a, float max)
float constrain(float min, float max, float a)
{
    if(a > abs(max)) return abs(max);
    if(a < -abs(max)) return -abs(max);
    if (a < min) return min;
    if (a > max) return max;
    return a;
}

float mse_array(float *a, int n)
{
    int i;
    float sum = 0;
    for(i = 0; i < n; ++i) sum += a[i]*a[i];
    return sqrt(sum/n);
}

void normalize_array(float *a, int n)
{
    int i;
@@ -239,6 +404,16 @@
    }
}

float mag_array(float *a, int n)
{
    int i;
    float sum = 0;
    for(i = 0; i < n; ++i){
        sum += a[i]*a[i];   
    }
    return sqrt(sum);
}

void scale_array(float *a, int n, float s)
{
    int i;
@@ -246,6 +421,7 @@
        a[i] *= s;
    }
}

int max_index(float *a, int n)
{
    if(n <= 0) return -1;
@@ -260,14 +436,40 @@
    return max_i;
}

// From http://en.wikipedia.org/wiki/Box%E2%80%93Muller_transform
#define TWO_PI 6.2831853071795864769252866
float rand_normal()
{
    int n = 12;
    int i;
    float sum= 0;
    for(i = 0; i < n; ++i) sum += (float)rand()/RAND_MAX;
    return sum-n/2.;
    static int haveSpare = 0;
    static double rand1, rand2;

    if(haveSpare)
    {
        haveSpare = 0;
        return sqrt(rand1) * sin(rand2);
    }

    haveSpare = 1;

    rand1 = rand() / ((double) RAND_MAX);
    if(rand1 < 1e-100) rand1 = 1e-100;
    rand1 = -2 * log(rand1);
    rand2 = (rand() / ((double) RAND_MAX)) * TWO_PI;

    return sqrt(rand1) * cos(rand2);
}

/*
   float rand_normal()
   {
   int n = 12;
   int i;
   float sum= 0;
   for(i = 0; i < n; ++i) sum += (float)rand()/RAND_MAX;
   return sum-n/2.;
   }
 */

float rand_uniform()
{
    return (float)rand()/RAND_MAX;